Metabolomics analysis strategy

Come spiegato nel nostro precedente post sulla strategia di analisi metabolomica, La metabolomica può essere applicata a diverse applicazioni (scoperta di biomarcatori, studi sulla composizione degli alimenti, ecc.). Tuttavia, è in realtà difficile ottenere risultati standardizzati da laboratorio.
A nostro avviso, dovrebbe essere proposta una strategia di stabilità per aumentare la standardizzazione e la qualità dell’approccio metabolomico. La pipeline mostrata in Figura 1 può portare a ottenere le informazioni richieste in condizioni standardizzate e stabili.

Figura 1 Strategia per l’elaborazione dei dati metabolomici.

Quindi una strategia metabolomica ad alta efficienza può essere strutturata come segue:

A) I passaggi 1-3 sono completamente automatizzati e sono relativi all’acquisizione, all’estrazione e alla normalizzazione dei dati. Idealmente, questi passaggi non dovrebbero dipendere dall’operatore. Questo fatto rende possibile ottenere un formato di dati standardizzato e riproducibile che contenga sia informazioni qualitative che quantitative di informazioni sul profilo molecolare.

B) I passaggi 4-5 dipendono dall’utente. Infatti ogni utente può ordinare le informazioni, applicare query su di esse in base alle esigenze.

Diversi gruppi hanno cercato di produrre approcci che rendano possibile estrarre informazioni dai dati metabolomici ma in realtà non è presente un punto di riferimento definito. Alcuni strumenti promettenti sono stati proposti per l’elaborazione dei dati metabolomici come metlin o mzMINE. Tuttavia, è necessaria una piattaforma più completa per estrarre dati stabili e riproducibili da analizzare.

Riguardo ai passaggi personalizzati dall’utente (4 e 5), essi portano a produrre app personalizzate per risolvere le esigenze dei clienti(es.: app per la medicina personalizzata).
Riteniamo che nel prossimo futuro una forte evoluzione della metabolomica seguirà la strategia descritta per produrre una piattaforma di riferimento completa.

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