Aspetti critici della spettrometria di massa nella scoperta di biomarcatori

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La spettrometria di massa è ampiamente utilizzata per la scoperta di biomarcatori. Nonostante la sua intensa applicazione dovrebbero essere considerati alcuni problemi per verificare la validità dei dati. I principali aspetti critici sono:

  • Valutazione effetto matrice; l’effetto matrice è correlato alla variazione del segnale strumentale dovuta alla presenza di varie specie molecolari della matrice (ad es. molecole ad alta abbondanza urinaria e plasmatica) che danno origine all’instabilità del segnale biomarker. Per verificare la presenza dell’effetto matrice, è possibile utilizzare algoritmi specifici e procedure di acquisizione dati (es: applicazione del metodo PROSAD ).
  • Estrazione dati; questo passaggio rende possibile estrarre i dati di espressione del biomarcatore, come una tabella, da elaborare utilizzando un’analisi statistica dedicata (principalmente ANOVA MANOVA). La critica associata a questo passaggio è l’elevata quantità di dati che devono essere elaborati. È così necessario un server altamente efficiente o l’uso di tecnologia di estrazione dei dati ad alta velocità come CUDA (paralellizzazione avanzata del processore grafico).
  • Allineamento dati; in questa fase i diversi segnali di biomarker sono allineati tra loro in modo da confrontare le espressioni dei biomarker. L’allineamento dovrebbe essere attentamente controllato. Infatti, spesso un segnale biomarcatore singolare viene attribuito erroneamente a due diversi e questo porta a un artefatto.

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